El Consejo de Facultad es el máximo órgano de dirección de la Facultad, que cumple con las funciones previstas en el artículo 35 del Acuerdo 11 del Consejo Superior Universitario de 2005 - Estatuto General y además evalua los programas académicos y el personal adscrito a la Facultad, aprueba proyectos de investigación, evalúa y aprueba actividades de extensión universitaria, aplica el reglamento estudiantil, estudia y recomienda la firma de convenios o contratos para investigación, extensión y práctica profesional, vela por el cumplimiento de las políticas de Bienestar Universitario y de las diferentes normas que regulan los procesos académicos-administrativos.

El Consejo de la Facultad de Ciencias Agrarias está integrado por:

1. El Decano(a), quien lo presidirá.

2. El Vicedecano(a) quien lo presidirá en ausencia del Decano(a).

3. Representante Profesoral. Un profesor de carrera, que tenga al menos la categoría de asociado, elegido por el personal docente de carrera de la Facultad.

4. Representante estudiantil de pregrado. Un estudiante de pregrado elegido por los estudiantes de pregrado de la Facultad. 

5. Representante estudiantil de postgrado. Un estudiante de postgrado elegido por los estudiantes de postgrado de la Facultad.

6. Un egresado de la Universidad Nacional de Colombia, que no tenga la calidad de profesor de la Universidad, postulado por las asociaciones de egresados, por las academias o por las asociaciones de profesionales afines con la Facultad, legalmente constituidas. Será elegido por el Consejo de Sede de terna presentada por el Consejo de Facultad, según reglamentación expedida por el Consejo Superior Universitario.

7. Un profesor de carrera perteneciente a otra Facultad, que tenga al menos la categoría de profesor asociado, delegado por el Consejo Superior Universitario, elegido de terna enviada por el Rector.

8. Los Directores de Unidades Académicas Básicas.

9. El Director de Área Curricular.

10. El Director de Bienestar Universitario.

Actuará como secretario del Consejo de la Facultad, el Secretario(a) de la Facultad.